La geografia del Sudan del Sud descriu les característiques físiques del Sudan del Sud, un país de l'Àfrica oriental. El Sudan del Sud és un país sense litoral i limita –en sentit horari– amb el Sudan, Etiòpia a l'est, Kenya, Uganda i la República Democràtica del Congo al sud, i la República Centreafricana a l'oest.
Fins al 9 de juliol de 2011, formava part del Sudan, que aleshores era el país més gran d'Àfrica abans d'un referèndum que es va celebrar el gener de 2011.
Geologia esquerra|miniatura|Mapa de les zones afectades pel Rift durant el Mesozoic i el Terciari a Àfrica Oriental La geologia del país es basa en roques ígnies i metamòrfiques precambrianes, que cobreixen el 40% de la superfície del país i sobresurten a altres unitats rocoses. La regió es va veure afectada per l'orogènia panafricana del Neoproterozoic i la tectònica extensional del Mesozoic, que va dipositar seqüències sedimentàries molt gruixudes i incorpora petroli a les conques del rift. Es van formar basalts, gresos i sediments més nous en els darrers 66 milions d'anys del Cenozoic. La formació Um Ruwaba cobreix la major part del Sudan del Sud central i oriental, i el basalt, també del Cenozoic, es troba prop de la frontera amb Etiòpia.
La branca del rift de l'Àfrica Oriental que inclou les conques de Muglad i Melut, que tenen grans reserves petrolíferes a la frontera amb el Sudan i han provocat greus conflictes. El descobriment de petroli el 1975 va ser un factor important en la Segona Guerra Civil Sudanesa, que va conduir a la independència el 2011. El país també compta amb or, coure, cobalt, zinc, ferro, marbre, pedra calcària i dolomita. esquerra|miniatura|Pous petrolífers entre Sudan i Sudan del Sud (zona conflictiva) Els camps petrolífers es troben al centre i est del país, una immensa zona al·luvial formada per sediments recents del terciari i el quaternari, amb argiles i graves no consolidades. A la conca de Melut, a la frontera amb Etiòpia, hi ha els camps petrolífers de Palogue, explotat per la China National Petroleum Corporation, i Adar, explotat per Chevron. A la conca de Muglad, zona on s'uneixen els rius Jebel i Ghazal, destaquen els pous petrolífers d'Unity (Chevron), Fula (Chevron) i Block 5A (Petronas). Els conflictes fan que la producció sigui irregular d'any en anys, així com els consorcis que exploten els jaciments.
Tota la franja occidental del país, l'altiplà d'Ironstone i les muntanyes del sud estan formades per roques càmbriques intrusives, bàsicament granit i gneiss amb algun aflorament d'esquists. Al sud-est, als altiplans de Loma i Bomareng, hi ha roques volcàniques del mesozoic al Terciari.
L'explotació artesanal d'or a Nanakanak, a Equatòria Oriental, s'estima que hi treballaen unes 60.000 persones el 2014, tot i que el 2013, el Govern va lliurar la concessió a l'empresa britànica Equator Gold ltd
Relleu Les grans planes i altiplans del Sudan del Sud són drenades pel Nil Blanc, que travessa de sud a nord a través de tota la seva extensió pel centre-est del país. El riu entra al país pel sud procedent del llac Albert, a uns 600 md'alçada. Entre aquesta frontera i Malakal, després de Juba, es troba una immensa àrea pantanosa de 320 km d'amplada per 400 km de llargada en una zona plana i argilosa coneguda com a Sudd, un espai Ramsar a uns 400 md'altitud. En aquest espai de pantans, llacunes, llacs i canals closos creixen els papirs i els jacints d'aigua i s'hi ha creat una reserva de caça on desemboca el riu Bahr el-Zeraf. A causa de la calor, es perd més de la meitat de l'aigua per evaporació. miniatura|363x363px|Mapa geològic del Sudan del Sud A l'oest del país, l'altiplà d'Ironstone forma part de la divisòria Congo-Nil, que separa les conques dels rius Nil i el Congo, a les fronteres de la República Centreafricana i la República Democràtica del Congo. Des d'aquesta immensa regió que es troba entre 800 i 900 m d'altitud, formada per inselbergs, amb valls profundes i molt desforestada, flueixen la majoria d'afluents del riu el Ghazal, que desemboca al Nil per l'oest, al llac No.
Prop de les fronteres amb Uganda, Kenya i Etiòpia, al sud a la regió d'Equatòria Oriental, hi ha les muntanyes més altes. A l'oest del Nil, la serra paral·lela al riu que procedeix de la Otzi, a Uganda, arriba als 1000 m, però les muntanyes més altes es troben a l'est del gran riu: la serralada Imatong, amb la muntanya Kinyeti (3187 m), com la més alt del país; la muntanya Lotuke (2963 m) i la muntanya Naita (2739 m), al sud-est, a la frontera amb Etiòpia. Els altiplans de Lomareng i Boma, al nord d'aquestes muntanyes, donen pas a l'est a la conca del riu Sobat, que desemboca al Nil Blanc, poc després del riu el Ghazal, prop de Malakal, donant lloc a una zona plana i pantanosa al nord-est del país.
Hidrologia miniatura|283x283px|Riu Sobat miniatura|282x282px|Principals conques hidrogràfiques del Sudan del Sud De sud a nord travessa el riu Bahr el-Jebel (el riu de les muntanyes), denominació del Nil Blanc entre la frontera amb Uganda. i la desembocadura del riu Bar-el-Ghazal (el riu de les gaseles), al nord. Una trentena de rius formen una densa xarxa fluvial al centre del país que apareixen i desapareixen al ritme de les estacions.El geògraf Eliseu Reclús li va posar l'apel·latiu del "país dels rius".
El riu Bar-el-Ghazal serpenteja al llarg de més de 700 km d'oest a est des de la frontera de la República Centreafricana, recollint l'aigua de la divisòria Congo-Nil, formada aquí per l'altiplà d'Ironstone, fins a trobar-se amb el futur Nil al llac No. Té sis afluents, entre ells el més llarg, el riu al-Arab, que arriba del noroest de la muntanya Marra, al Sudan, i desemboca poc abans de la ciutat de Bentiu. Els altres afluents es denominen, de nord a sud: Boro, Pongo, Wau, Sue i Ibba. La unió dels rius Wau i Sue a la ciutat de Wau lloc al riu al Ghazal.
El riu Bar el-Jebel, entra al Sudan del Sud al nord de la ciutat de Nimule, a la frontera amb Uganda, es dirigeix cap al nord i travessa una sèrie de ràpids per baixar de 600 a 450 m abans d'entrar a la plana i als vasts pantans de la regió de Sudd. En travessar la capital, Juba, el seu cabal té una mitjana de 1050 m³/s. Al nord de Juba, a Mongalla, el riu es divideix en nombrosos braços obstruïts pels pantans. Un dels braços, Bahr el-Zeraf, recorre uns 500 km abans de trobar-se amb el riu Bar-al-Ghazal a Tonga.
El riu Bar el-Jebel acaba al llac No, que té una superfície de 100 km² i tot just 1,5 m de profunditat. Poc després, per la dreta, s'uneix el riu Sobat, format per la unió de dos afluents, els rius Baro i Pibor, procedents de l'altiplà etíop. El Sobat té una conca de 250.000 km² i proporciona el 14 per cent del cabal del Nil. Els seus sediments, de color blanc, donen nom al Nil Blanc, que adquireix aquest nom des d'aquest lloc, prop de Malakal. Un dels afluents del Sobat, el riu Pibor, ocupa tota la part sud-oriental del Sudan del Sud, neix a la muntanya Naita i després dels altiplans de Boma i Lomareng entra a la gran plana de l'interior del país, on lloc, en la seva part oriental, als aiguamolls de Kobowen i Kenamuke, protegits al Parc nacional de Boma, limitats a l'est pel riu Akobo amb una conca que conflueix amb la frontera amb Etiòpia.
El riu Pibor acaba unint-se al riu Baro, que procedeix d'Etiòpia i entre tots dos donen el cabal al riu Sobat. Al nord del riu Baro, a la província del nord-est anomenada Nil Superior, els afluents del Baro pel nord donen lloc als aiguamolls de Machar, que irriguen en part pel riu Adar, que desemboca al Nil Blanc per Melut. Els pantans del Sudd oscil·len entre 30 000 km² i 130 000 km² a l'estació de les pluges. La meitat del cabal dels diferents braços del riu es perd per evaporació i existeix certa contaminació per petroli.
El 1978 es va iniciar la construcció del canal de Jonglei, per evitar que el Nil Blanc desesmboqués al pantà de Sudd, i es dispersés per les fines argiles de la regió i perdés la meitat de l'aigua per evaporació, però només s'havien construït 240 km dels 360 km necessaris quan es va produir la segona guerra civil sudanesa perillant la seva continuïtat.
Clima miniatura|305x305px|Classificació Köppen de climes de Sudan del Sud. Clima tropical de sabana (blau); Semiàrid (carbassa), i Càlid i desèrtic (vermell). El clima del Sudan del Sud està determinat per les oscil·lacions cap al nord i el sud de les masses d'aire seca del nord i humida del sud, dins un context de clima tropical entre l'equador terrestre i el tròpic de Càncer.
A l'hivern, una massa d'aire fred i sec es desplaça des del nord cap al sud i amb prou feines plou. Un núvol de pols cobreix el cel, sobretot al nord, les temperatures oscil·len entre els 40 °C i els 8-10 °C. Entre febrer i abril és quan fa més calor, amb pics de 45 °C al centre i més suau a les zones altes de l'oest. A l'abril, una massa d'aire més càlid i marítim es comença a desplaçar cap al nord, provocant una temporada de pluja que varia amb la latitud i que es pot allargar fins al desembre. En general, les pluges oscil·len entre 800 i 1100 mm, amb un mínim a l'hivern i un màxim a l'agost, tant a les planes de l'interior (400-600 m) com a les zones altes del sud (600-1000 m).
La zona més seca es troba al sud-est, a la frontera amb Kenya, una zona disputada, al triangle d'Ilemi, i al nord-est, a la frontera amb Sudan; a les dues zones cauen menys de 700 mm anuals. A Malakal, al nord-nord-est, cauen 730 mm en 68 dies, sense pluges entre novembre i abril i amb màximes de gairebé 39 °C al març i abril.
La zona més humida es troba al sud-oest, a la frontera amb la República Democràtica del Congo, on cauen més de 1500 mm, ia les muntanyes Imatong, a la frontera amb Uganda. A Yambio, a Equatòria Occidental, a prop del Congo, cauen 1455 mm en 133 dies, amb màxims propers a 200 litres entre maig i octubre.
A Juba, al sud, a 500 m d'altitud, cauen 960 mm en 108 dies, amb més de 100 litres entre el maig i l'octubre, i menys de 5 al desembre i al gener. Les temperatures oscien entre els 37 °C de les mitjanes màximes al febrer i maig i les 19 °C de les mínimes a l'hivern.
El canvi climàtic amb l'augment de les temperatures i els patrons de precipitacions han provocat sequeres i inundacions al país, un fet que ha afectat els cabals dels rius, la disponibilitat d'aigües subterrànies i la qualitat de l'aigua per a una població que depèn en gran manera de l'agricultura i el pastoralisme.
Medi ambient miniatura|306x306px|Àrees protegides del Sudan del Sud Existeixen diverses ecoregions que s'estenen pel Sudan del Sud: la Sabana Sudanesa Oriental, el Mosaic congolès septentrional de sabana i bosc, les praderies inundades del Sàhara (Sudd), la sabana d'acàcies del Sahel, els boscos montans de l'Àfrica oriental i els Boscs septentrionals d'arbusts i matolls d'Acacia-Commiphora.
La sabana seca es dóna principalment al nord, a la part septentrional de l'estat del Nil Superior. La sabana humida cobreix bona part del país a excepció de la plana inundable al voltant del Nil i la zona de les muntanyes Didinga i les muntanyes Imatong. La sabana arbrada molt humida es divideix en dues subzones: sabana arbrada i sabana arbrada recentment reconvertida derivada de bosc plujós.
Les aigües del Nil Blanc i els seus afluents flueixen des de les terres altes d'Uganda, la República Democràtica del Congo, la República Centreafricana i Etiòpia a la conca argilosa que constitueix la major part del Sudan del Sud, formant l'aiguamoll continu més gran del món. Segons la FAO i el Banc Mundial el país té aproximadament cinc vegades la superfície de terra agrícola per càpita en comparació amb Kenya, Uganda o Etiòpia. Dels 64 milions d'hectàrees de terra agrícola estimades, és a dir, aproximadament el 4% (2,8 milions d'hectàrees) s'han cultivat de manera contínua o periòdica. En realitat, la superfície cultivada és de 800.000 a 1,3 milions d'hectàrees, entre l'1 i el 2% del total del territori.