W 1585 ustanowiony został stały urząd ministra delegowanego Świętego Oficjum w Neapolu, który został oddzielony od urzędu wikariusza archidiecezji. Pierwszym ministrem delegowanym został Carlo Baldini, od 1591 arcybiskup Sorrenzo. Jego następcy byli bez wyjątku biskupami lub arcybiskupami którejś z południowowłoskich diecezji. W XVII wieku zaczęli być tytułowani jako inkwizytorzy neapolitańscy, a od lat 30. XVII wieku dysponowali własnym więzieniem mieszczącym się w konwencie dominikanów w Neapolu. Dalsza rozbudowa trybunału ministra delegowanego nastąpiła za urzędowania Camillo Piazzy (1659–1663)
W 1691 doszło do konfliktu między Stolicą Apostolską a lokalnymi władzami w Neapolu z powodu działań ministra delegowanego Giovanniego Battisty Gibertiego, który wydał nakazy aresztowania kilku osób bez zgody hiszpańskiego wicekróla. W rezultacie król Hiszpanii Karol II Habsburg nakazał wygnanie Gibertiego z Neapolu i zakazał mianowania jego następcy. Pomimo tego, trybunał arcybiskupi kontynuował działalność inkwizycyjną jeszcze ponad pół wieku.