Jednak pod wpływem narastającej krytyki procedury inkwizycyjnej, król Karol VII Burbon w dniu 29 grudnia 1746 roku wydał dekret rozwiązujący neapolitański trybunał inkwizycyjny i nakazujący, by wszelkie procesy w sprawach wiary były prowadzone od tej pory przez zwykłe sądy diecezjalne zgodnie ze standardową procedurą kryminalną (tzw. via ordinaria)
Organizacja W ramach inkwizycji neapolitańskiej można wyróżnić tak naprawdę dwa sądy, choć ich precyzyjne rozgraniczenie organizacyjne nie jest łatwe, gdyż często zatrudniały wspólny personel. Na czele pierwszego z nich stał wikariusz archidiecezji neapolitańskiej, na czele drugiego minister delegowany Świętego Oficjum. W praktyce większą rolę odgrywał sąd arcybiskupi, natomiast podstawowym zadaniem ministra delegowanego było zapewnienie komunikacji między Świętym Oficjum a sądami diecezjalnymi w Królestwie Neapolu i koordynowanie ich działalności. Zarówno wikariusz archidiecezjalny, jak i minister delegowany, mieli prawo do samodzielnego wszczynania procesów, aczkolwiek faktyczna tego rodzaju aktywność obu sędziów ograniczała się do samej tylko archidiecezji Neapolu.