.
Uniwersytet nie miał jednolitej struktury. Nauka podzielona była na fakultety: teologiczny, sztuk wyzwolonych, prawa, później również medycyny. W ramach uniwersytetu działały też organizacyjnie odrębne kolegia. Były to fundacje, które miały służyć pomocą dla uboższych studentów. Początkowo były to bursy z własnymi źródłami finansowania i statutami organizacyjnymi danymi przez fundatora, w których studenci prowadzili wspólne życie kierowane podobną do klasztornej regułą. Z czasem rola kolegiów rosła. Zyskiwały one własne budynki w których prowadzono nauczanie, budynki sakralne, biblioteki. Pod koniec średniowiecza w Paryżu było ok. siedemdziesiąt kolegiów, z których najsłynniejsze było założone około 1257 roku przez kapelana Roberta de Sorbon, które przekształciło się w dzisiejszą Sorbonę.
Dodatkowo, członkowie uniwersytetu podzieleni byli na nacje – korporacje akademickie, opierające się o ogólną przynależność geograficzną scholarów. Na Uniwersytecie Paryskim działały nacje: francuska (dla scholarów z Île-de-France i obszaru śródziemnomorskiego), normańska (Normandia i Bretania), pikardyjska (Pikardia i Niderlandy) oraz angielska (Anglia, Niemcy i Skandynawia). Nacje zachowywały pewną autonomię i miały wpływ na organizację studiów swoich członków.