Paryż stał się jednym z najważniejszych centrów intelektualnych Europy, do którego żacy przybywali po nauki z daleka. W tym też czasie zaczęły się kształtować podstawy instytucjonalne późniejszego uniwersytetu paryskiego.
Rozwój thumb|200px|Zebranie doktorów na Uniwersytecie Paryskim Początkowo nie trzeba było spełniać żadnych warunków, by rozpocząć nauczanie. Kwestie te zostały stopniowo unormowane pod koniec XII wieku przez papieży, którzy określili sposoby otrzymania licencji na nauczanie (). Z 1208 roku pochodzi pierwsza wzmianka o korporacji () mistrzów (nauczycieli). W tym okresie mistrzowie byli więc już zrzeszeni i cieszyli się autonomią instytucjonalną w stosunku do lokalnych władz, obejmującą m.in. własną jurysdykcję karną. Paryż, Bolonia i Neapol stworzyły trzy odmienne modele uniwersytetu. Model boloński i neapolitański stopniowo zostały zarzucone, natomiast paryski stał się podstawą ustroju współczesnych uniwersytetów. Uniwersytet Paryski był podporządkowany bezpośrednio miejscowemu biskupowi, który często wpływał na kształt i dobór nauczanych treści. Obowiązywały na nim ścisłe, podobne do zakonnych, reguły, a większość nauczających i uczących się stanowili duchowni. Rektor wybierany był z grona nauczającego;