Pod koniec średniowiecza zaczęły tracić na znaczeniu.

Nowożytność Pod koniec średniowiecza Uniwersytet Paryski stracił na znaczeniu. Poszczególne monarchie narodowe otwierały własne uniwersytety, co w konsekwencji przynosiło ograniczenie liczby zagranicznych żaków w starszych placówkach. Stopniowo traciły one na międzynarodowym znaczeniu.

W XV wieku legat papieski Guillaume d’Estouteville przystąpił do reformy uniwersytetu, mającej oczyścić go z błędów i nadużyć. Większe zmiany zostały przeprowadzone w wieku XVII przez świeckie władze Francji, przystosowującego jego nauczanie do warunków epoki nowożytnej w: (1913). Na znaczeniu zyskiwała Sorbona, która przestała być tylko kolegium wspomagającym studentów, lecz stała się na wpół odrębną instytucją, nauczającą teologii. Jej studenci i wykładowcy () zaczęli odgrywać najważniejszą rolę na uniwersytecie. W pierwszej połowie XVII w. staraniem absolwenta Sorbony, kardynała Richelieu, wybudowano nową siedzibę Sorbony i to tutaj przeniósł się ciężar działalności całego uniwersytetu.

Uniwersytet Paryski zakończył swoją działalność podczas rewolucji francuskiej.