Nowo wybrany metropolita kijowski pozostał ordynariuszem eparchii białoruskiej.
W 1664 na skutek intryg politycznych Pawła Tetery został oskarżony o wzniecanie antypolskich nastrojów wśród Kozaków zaporoskich i dążenie do przyłączenia ziem ukraińskich do Rosji. Razem z synem Bohdana Chmielnickiego Jerzym (archimandrytą Gedeonem po złożeniu wieczystych ślubów mniszych) został osadzony w zamku w Malborku. W odosobnieniu przebywał w 1665. Zdaniem Antoniego Mironowicza na uwięzienie metropolity kijowskiego wpływ mógł mieć nacisk papieża, który domagał się uniemożliwienia mu prowadzenia działalności duszpasterskiej. 29 listopada 1665 metropolita złożył w Warszawie przysięgę wierności Rzeczypospolitej. W okresie, gdy był więziony w Malborku, eparchią białoruską tymczasowo zarządzał archimandryta Teodozjusz Wasilewicz.
Po uwolnieniu Józef Nielubowicz-Tukalski udał się do Wilna i zamieszkał w monasterze Świętego Ducha w tymże mieście. W klasztorze tym przebywał do lata 1667, gdy musiał wyjechać z niego z powodu konfliktu z władzami miejskimi. Przyczyną sporu był protest metropolity przeciwko zobligowaniu mnichów do dzwonienia w dzwony w momencie uroczystego przewożenia relikwii unickiego arcybiskupa Jozafata Kuncewicza.