W sierpniu 1667 przeniósł się do Mohylewa, zaś w 1669 wrócił do Kijowa, ponownie polecając archimandrycie Teodozjuszowi Wasilewiczowi zarządzanie eparchią białoruską w jego imieniu. W tym czasie nie był już uznawany przez króla polskiego za legalnie działającego metropolitę kijowskiego. W 1666 król odebrał mu przywilej na katedrę kijowską i wyznaczył Atanazego Żeliborskiego na jej administratora, zaś w 1667, gdy Żeliborski już nie żył, wskazał jako kolejnego administratora Antoniego Winnickiego. Powodem tych decyzji była bliska współpraca między metropolitą a hetmanem Piotrem Doroszenką.
W 1668 patriarcha konstantynopolitański ogłosił Józefa Nielubowicza-Tukalskiego swoim egzarchą z tytułem metropolity kijowskiego, halickiego i całej Rusi. Po uzyskaniu tegoż dokumentu metropolita Józef wydał okólnik, w którym wezwał całe duchowieństwo metropolii kijowskiej do posłuszeństwa wobec niego, a nie wobec Antoniego Winnickiego. Metropolita deklarował lojalność wobec cara rosyjskiego, sprzeciwiał się jednak planom podporządkowania metropolii kijowskiej jurysdykcji patriarchów moskiewskich. Włodzimierz Mokry opisuje jego poglądy i postawę jako zdecydowanie antymoskiewskieW. Mokry, Stosunek państwowych i cerkiewnych władz moskiewskich do ukraińskiej Cerkwi prawosławnej i unickiej w wiekach XVII-XX [w:] red. R. Łużny, F. Ziejka, A.