W listopadzie 1838 roku większość uczestników austriackiej ekspedycji wróciła do Europy. Theodor Kotschy pozostał w Aleksandrii. Sprzedając nagromadzone zbiory przyrodnicze i uzyskując obietnicę wsparcia ze strony miejscowych majętnych przedsiębiorców w następnym roku zorganizował wyprawę, która miała dotrzeć do źródeł Nilu. Cel nie został osiągnięty, głównie z powodu wycofania się sponsorów, chociaż ekspedycja dotarła do 4° szerokości geograficznej północnej, zaledwie 450 km od Jeziora Wiktorii. 26-letni podróżnik w marcu 1840 r. został w Chartumie bez środków do życia i z wielkim trudem udało się mu się wrócić w sierpniu do Aleksandrii. Tu dzięki pomocy Dumreichera, właściciela wielkich plantacji i przędzalni bawełny, zdobył fundusze na kolejne wyprawy badawcze. Prowadził badania na Cyprze (1840) oraz w Syrii i Mezopotamii (1841), gdzie przez dłuższy czas był gościem pułkownika Roberta Taylora, w latach 1828-1843 brytyjskiego rezydenta w Bagdadzie. Wiosną 1842 r. wyruszył do Persji, na Wyżynę Irańską. 1 sierpnia 1843 r. jako jeden z pierwszych Europejczyków zdobył najwyższy szczyt dzisiejszego Iranu – Demawend (5610 m n.p.m.) w górach Elburs.