W 1954 roku specjalna komisja CZSP stwierdziła, że w Miasteczku Dziecięcym Podgrodzie została wprowadzona pajdokracja. Było to efektem afery, która wybuchła po opublikowaniu w prasie zagranicznej relacji z ośrodka. W jednej z nich pojawiła się wypowiedź małego milicjanta, według której „przestępców” osądza sąd dziecięcy, ale w Podgrodziu nie ma więzienia, a przydałoby się. Z kolei w broszurze z 1953 roku inicjatorzy budowy ośrodka opisywali, że poza obsługą w Podgrodziu mieszkają wyłącznie dzieci, które same się obsługują, same się rządzą i same o sobie stanowią. Efektem prac komisji było „uharcerzenie” Podgrodzia, czyli wdrożenie harcerskich metod wychowawczych, za które odpowiadał Wydział Harcerski Zarządu Głównego ZMP.
Schyłek Początkiem schyłku Miasteczka był wypadek, do którego doszło 14 lipca 1958 roku na Zalewie Szczecińskim. Wskutek nagłego zerwania się wiatru, dwa kajaki z 4 kolonistkami oraz wychowawcą Witoldem Rzempołuchem zostały zepchnięte na otwarte wody Zalewu. 15 lipca w okolicach Wolina znaleziono puste kajaki, zaś ok. 24 lipca ciała wszystkich zaginionych znaleziono w okolicy Kamienia Pomorskiego.