Obecnie jednak podważa się prawdziwość tych opowieści, ponieważ willa Götha znajdowała się zbyt daleko od terenu obozu, aby mógł on stamtąd skutecznie oddawać strzały do więźniów.
13 marca 1943 Göth przystąpił do ostatecznej likwidacji getta w Krakowie. Akcją tą kierował w imieniu Wilhelma Haasego. Żydzi mieszkający w getcie byli podzieleni na dwie grupy: w getcie A mieszkali ci, którzy mieli przeżyć. Zostali ocenieni jako „zdolni do pracy” i mieli być przewiezieni do obozu w Płaszowie. W getcie B, oddzielonym od części A drutem kolczastym, żyli ludzie starzy, chorzy i dzieci – ci, którzy mieli zostać uśmierceni. W szpitalach od razu zabijano pacjentów. W ciągu dwóch dni (13 i 14 marca) tysiąc osób zostało zamordowanych, a około czterech tysięcy deportowanych, z których większość trafiła do Auschwitz. Tych, którzy przeżyli, Göth kazał przywieźć do obozu płaszowskiego. Liczba ofiar śmiertelnych tej akcji obliczana jest na około 2 tysiące, natomiast 10 tysięcy ludzi zdolnych do pracy umieszczono w Płaszowie. Göth wykazywał się szczególnym okrucieństwem, mordując zwłaszcza matki z dziećmi i starców. We wrześniu tegoż roku Niemcy postanowili zamknąć także getto w Tarnowie. Również tą akcją w sposób bezwzględny kierował Göth. Większość ocalałych mieszkańców getta wysłano do Auschwitz, gdzie zamordowano ich w komorach gazowych.