Latem 1942 roku został przeniesiony do Lublina, gdzie dołączył do sztabu SS-Brigadeführera Odilo Globocnika, dowódcy SS i policji w okręgu krakowskim, w ramach operacji Reinhard, kryptonimu nadanego utworzeniu trzech obozów zagłady w Bełżcu, Sobiborze i Treblince. Nic nie wiadomo o jego działalności w ciągu sześciu miesięcy służby w ramach operacji Reinhard, ponieważ uczestnicy zobowiązali się do zachowania tajemnicy. Jednak, według protokołów z jego późniejszego procesu, Göth był odpowiedzialny za łapanki i transport ofiar do tych obozów w celu ich zamordowania.
11 lutego 1943 powierzono mu budowę i organizację obozu dla Żydów krakowskich i małopolskich w Płaszowie, którego następnie został komendantem. Obóz w Płaszowie został wybudowany na żydowskich cmentarzach. Na zniszczonych grobach postawiono baraki, a ulice wybrukowano kamiennymi macewami. Początkowo był to obóz pracy (do jesieni 1943). Później zarządcy z SS postanowili zmienić ostatni istniejący obóz pracy przymusowej w obóz koncentracyjny. Obóz rozrastał się, a więźniowie nie przychodzili już jedynie z krakowskiego getta. Ostatecznie teren obozu miał 80 hektarów i okresowo znajdowało się w nim 20 tysięcy więźniów. Około 180 baraków otaczał płot z drutu kolczastego.