Sezon 1960/1961 Pogoń zakończyła na trzecim miejscu w tabeli opolskiej ligi okręgowej. Klub zajął drugie miejsce we wszechstronnej rywalizacji międzyklubowej na Opolszczyźnie, za Odrą Opole i przed Unią Racibórz. We wrześniu, w finałach wojewódzkich Pucharu Polski, Pogoń pokonała KKS Kluczbork i awansowała na szczebel centralny. W I rundzie Pucharu Polski 1961/1962 Pogoń zwyciężyła 1:0 przeciwko Arce Gdynia, a w II rundzie przegrała 1:5 z Karkonoszami Jelenia Góra. Sezon klub zakończył na pierwszym miejscu w opolskiej lidze okręgowej i awansował do baraży o II ligę. W eliminacjach zajął ostatnie miejsce w grupie z Olimpią Poznań, Dębem Katowice i Górnikiem Thorez Wałbrzych, i nie uzyskała awansu.
Klub współorganizował zakładowe spartakiady sportowe od 1962. W sezonie 1962/1963 Pogoń ponownie zdobyła tytuł mistrza Opolszczyzny i wzięła udział w barażach. W grupie, oprócz Pogoni, znalazły się Olimpia Poznań, Górnik Wałbrzych i Górnik Mikulczyce. Na rozegrany na stadionie w Prudniku mecz z Olimpią Poznań, zakończony wygraną Pogoni 2:0, przyszło 5 tysięcy widzów. Liczbę 5 tysięcy widzów przekroczono na meczu z Górnikiem Wałbrzych. Pogoni ponownie nie udało się uzyskać awansu.