W 1957 III liga wrocławsko-opolska została rozwiązana. Pogoń Prudnik przystąpiła do rozgrywek grupy opolskiej. W spotkaniu z Unią Racibórz, późniejszym triumfatorem ligi, Pogoń zwyciężyła 2:0. Sezon 1957 zakończyła plasując się na szóstym miejscu w tabeli, a sezon 1958 na drugim. Pogoń Prudnik była jedynym klubem z Opolszczyzny, która w rozgrywkach o puchar śląskiego i opolskiego OZPN wygrała eliminacje w swojej grupie. Odpadła w ćwierćfinale, przegrywając 2:7 w Świętochłowicach. Sezon 1959 klub zakończył na piątym miejscu w tabeli opolskiej ligi okręgowej.
Lata 60. Od 1960 lokalnym rywalem Pogoni był Kabewiak Prudnik, który w poprzednim sezonie wywalczył awans do ligi okręgowej. 18 maja 1960 w prudnickich derbach Pogoń pokonała Kabewiak 4:0. Mecz rewanżowy, na który przyszło 4 tysiące widzów, wygrała 3:2. Na zakończenie sezonu 1960 zajęła drugie miejsce w tabeli ligi okręgowej. W 1961 Zdzisław Głąb założył szkółkę piłkarską. Powstała drużyna trampkarzy, która zdobyła wicemistrzostwo województwa opolskiego.