Charakterystyczne dla Cisy są duże wahania stanu wody między niżówką a wezbraniami. U ujścia różnica jest jedenastokrotna (371 m³/s do 3867 m³/s), w Szolnoku – 53-krotna, a w Vásárosnamény – 84-krotna.
Większość wód Cisy pochodzi z Karpat Wschodnich i Wyżyny Transylwańskiej, poza tym Cisa odwadnia pewne części Karpat Zachodnich i Południowych. Największe dopływy Cisy to Samosz, Bodrog, Sajó, Zagyva, Keresz i Marusza. Każdy z nich ma własny rozbudowany system rzeczny.
Cisa jest stale żeglowna od ujścia do Dombrád, a okresowo – aż od Vásárosnamény. Żegluga jest jednak niemożliwa podczas powodzi i niżówek. Liczne kanały żeglugowe łączą Cisę z Dunajem i z Berettyó. Oprócz tego wody Cisy są szeroko wykorzystywane do nawadniania, w związku z czym Cisa jest osią rozległego systemu irygacyjnego.
Prehistoria thumb|Tablica w Segedynie thumb|Ujście Cisy do Dunaju