Niemal na całej swej długości, z wyjątkiem odcinka źródłowego, Cisa jest typową rzeką nizinną. Spadek jest bardzo niewielki, zaledwie kilka centymetrów na kilometr, wobec czego nurt rzeki jest powolny. Do czasu regulacji w XIX wieku Cisa tworzyła bardzo szeroką terasę zalewową, podmokłą, pełną meandrów, starorzeczy i nadrzecznych wydm, po której płynęła siecią odnóg i kanałów. Rzeka nie miała wówczas właściwie stałego koryta – podczas kolejnych wezbrań nurt przemieszczał się swobodnie po terasie zalewowej. Podczas powodzi rzeka zalewała do 2 mln hektarów gruntów. Obecnie na większości swego biegu Cisa jest uregulowana i ujęta w wały przeciwpowodziowe.
Reżim rzeczny Cisy jest podobny do reżimu Dunaju. Wezbrania występują wczesną wiosną – wywołane topnieniem śniegów w Karpatach – i wczesnym latem, wywołane deszczami. Na górnej Cisie występuje niekiedy trzecie maksimum opadowe w październiku. O ile drugie wezbranie nie powodowało powodzi, to pierwsze wezbranie spotykało się z równoczesnym wezbraniem Dunaju. Wezbrany Dunaj nie mógł przyjąć wód Cisy, która gwałtownie przybierała, wywołując katastrofalne powodzie (taki charakter miała powódź w 1879, która zniszczyła Segedyn). Na Cisie nie występują natomiast wezbrania wywołane przez zatory lodowe, ponieważ pokrywa lodowa znika wcześniej w jej dolnym biegu.