Twórczość Teofilakt z Ochrydy jest autorem szeregu komentarzy do ksiąg Starego i Nowego Testamentu. Zaczął od Komentarza do Psalmów (Hypomnémata) i komentarza do proroków mniejszych (Ozeasza, Habakuka, Jonasza, Nahuma, Micheasza), który napisał na życzenie cesarzowej Marii. W tej niedokończnej pracy Teofilakt oparł się przede wszystkim na Historii Kościoła Teodoreta z Cyru i pismach Ojców Kościoła, przede wszystkim Grzegorza z Nazjanzu. Teofilakt jest też autorem cennych komentarzy do Ewangelii według św. Mateusza i do Ewangelii według św. Jana, w których odnosi się do doktryn heretyckich manichejczyków, arian, nestorianów, Armeńczyków oraz do błędów łacinników. Na podstawie cytatów z pism Klemensa Aleksandryjskiego, Metodego, Bazylego Wielkiego, Grzegorza z Nazjanzu, Grzegorza z Nyssy i Pseudo-Dionizego Areopagity napisał też obszerny komentarz do Listów św. Pawła. Komentarz do Dziejów apostolskich i do tzw. Listów katolickich (Epistoláj katholikáj) są właściwie streszczeniami komentarzy Ekumeniosa, biskupa Trikki w Tesalii z VI wieku.