Struktura i program dydaktyczny Akademia posiada 10 fakultetów, przygotowujących specjalistów nie tylko dla FSB, ale także dla rosyjskiej Służby Wywiadu Zagranicznego, Ministerstwa Obrony i innych agencji. W skład Akademii wchodzi Instytut Kryptografii, Łączności i Informatyki, 7 fakultetów ogólnoakademickich, 46 katedr, wydziałów, 5 funkcjonalnych i 14 pomocniczych jednostek oraz centrum naukowo-badawcze. Ponadto w Akademii funkcjonuje system dokształcania zawodowego, w tym przekwalifikowania i podwyższania kwalifikacji zarówno już zatrudnionego w organach personelu, jak również – w ramach specjalnego szkolenia – osób pozyskanych dla FSB spośród absolwentów innych wyższych uczelni. System funkcjonuje na wszystkich fakultetach, przede wszystkim jednak na fakultecie przygotowania kadr dowódczychRos. ФПРК., utworzonym w 1979. Przeciętny pracownik organów podnosi kwalifikacje co pięć lat, a szefowie jednostek terytorialnych bezpieczeństwa jeszcze częściej. Okresy kształcenia trwają od kilku tygodni podwyższających kwalifikacje do kilku miesięcy profesjonalnego przekwalifikowania. Czasami studia trwają kilka lat, ale jest to związane z nauką języka obcego.