W systemie FSB funkcjonuje kilka regionalnych instytutów przekwalifikowania i dokształcania pracownikówRos. ИППКС. – nie są one częścią Akademii, ale istnieje koordynacja rozwoju programów szkoleniowych i badań naukowych.
Instytut Kryptografii, Łączności i Informatyki Historia instytutu sięga 1949, kiedy utworzono Wyższą Szkołę Szyfrantów i tajny oddział na fakultecie mechaniczno-matematycznym Moskiewskiego Państwowego Uniwersytetu im. M. W. Łomonosowa – w późniejszych latach połączone i przekształcone w fakultet techniczny Wyższej Szkoły KGB ZSRR im. F. E. Dzierżyńskiego. W 1992 roku fakultet przekształcono w instytut. Przygotowuje on specjalistów w dziedzinie przekazywania, ochrony i przetwarzania informacji. Główne kierunki kształcenia to: kryptografia matematyka stosowana informatyka elektronika inżynieria komunikacji radiowej
Instytut posiada fakultety: matematyki stosowanej techniki specjalnej bezpieczeństwa informacji katedrę nauk przyrodniczych katedrę specjalną katedrę języka angielskiego
Przy Instytucie działa wieczorowa szkoła fizyczno-matematyczna i laboratorium naukowo-badawcze. W oparciu o profile studiów w Instytucie Akademia umożliwia adiunkturę, docenturę i doktoraty.