Wieża kościelna ma wysokość 68 m.
Wystrój wnętrza thumb|242px|Wnętrze kościoła Sklepienie naw jest krzyżowo-żebrowe.
Ołtarz główny Gotycki ołtarz główny znajdował się pierwotnie w uniwersyteckim kościele św. Pawła, który wyburzono w 1968. Uratowany wówczas ołtarz wstawiono w 1993 do kościoła św. Tomasza.
thumb|242px|Nagrobek Bacha Epitafia i nagrobki Wśród elementów wystroju wnętrza wyróżniają się: późnogotycki nagrobek Hermanna von Harras z Lichtenwalde (prawdopodobnie z lat 1480–1490), epitafium D. Leichera (1612) i marmurowa chrzcielnica (1614–1615) a także wiele brązowych płyt nagrobnych z najstarszą N. Selneckera (1592).
Organy Pierwsze organy w kościele są poświadczone już w XIV w. W 1489 wzmiankowane są w dokumentach "małe organy". W 1511 zbudowano na zachodniej emporze wielkie organy, które w 1601 zastąpił trzymanuałowy instrument zbudowany przez Johanna Lange z Kamenz. W 1773 pojawiły się w kościele kolejne organy (12 maja 1789 grał na nich Wolfgang Amadeus Mozart). Instrument ten zastąpiły w 1889 organy Sauera. W 1639 zbudowano organy na nowej emporze (tzw. jaskółcze gniazdo) ponad łukiem tęczowym. W 1740 zlikwidowano je.