W 1967 zakład organmistrzowski Karl Schuke Berliner Orgelbauwerkstatt zbudował nowe organy na emporze północnej, zastąpione w 2000 przez organy Woehla.
Organy Sauera thumb|242px|Organy Sauera na emporze zachodniej Kościół św. Tomasza ma obecnie dwa duże organy: starsze z nich, romantyczny instrument zbudowany w latach 1885–1889 przez Wilhelma Sauera miał pierwotnie ponad 63 głosy (ich liczba wzrosła w 1908 do 88), podzielonych na trzy manuały i pedał. Organy te nadają się idealnie do wykonywania muzyki Maxa Regera. Odrestaurowano je w 2005 przywracając im pierwotne brzmienie z 1908.
Organy Sauera mają 88 głosów podzielonych na 3 manuały i pedał i następującą dyspozycję (od 1908)Dyspozycja organów została opracowana na podstawie stron: Wirtualne Centrum organowe – Słownik terminów organowych https://web.archive.org/web/20200321105720/http://www.organy.pro/slownik.php i Gdańskie Organy – Organy Katedry w Oliwie, autor Marek Michalak https://web.archive.org/web/20200321105720/http://www.organy.pro/slownik.php https://web.archive.org/web/20120315132930/http://www.gdanskie-organy.com/organs.php?lang=pl&loc=oliwa&tab=stoplist. Wynika z nich, iż w polskiej terminologii obowiązuje terminologia niemiecka, jakkolwiek niektóre nazwy instrumentów mogą być tłumaczone na jęz.