Podczas ataków lotniczych 4 grudnia 1943 została uszkodzona wieża kościelna. W 1950 z okazji 200. rocznicy śmierci Johanna Sebastiana Bacha przeniesiono jego szczątki ze zniszczonego kościoła św. Jana do kościoła św. Tomasza.
left|thumb|Zdjęcie frontu kościoła wykonane w 1957 roku.
W 1990 po zjednoczeniu Niemiec przeprowadzono w kościele zakrojone na szeroką skalę prace restauracyjne. Zakończyły się one w dużej mierze 28 lipca 2000 – w 250. rocznicę śmierci Johanna Sebastiana Bacha. Kościół otrzymał wówczas nowe organy, tzw. organy bachowskie.
Chór św. Tomasza W 1212 z inicjatywy margrabiego Miśni Dytryka I założono szkołę i chór chłopięcy św. Tomasza (Thomanerchor ), najstarszy chór chłopięcy w Niemczech. Na przestrzeni dziejów renomowany urząd kantora chóru piastowali coraz bardziej znaczący kompozytorzy i muzycy, w tym Johann Sebastian Bach (1723–1750).
Architektura Wygląd zewnętrzny Kościół św. Tomasza to późnogotycka świątynia halowa o długości 76 m, szerokości 25 m i wysokości 18 m.
Dach kościoła jest niezwykle stromy – kąt pochylenia wynosi 63°, i największy w Saksonii (powierzchnia 2520 m²). Wysokość kalenicy wynosi 45 m. Wnętrze dachu składa się z siedmiu poziomów.