Działalność w Imperium Rosyjskim W 1914 ks. Chotowicki wrócił do Rosji. 26 lutego tego roku pożegnał się z metropolitą amerykańskim Platonem, który podkreślał jego zasługi w prowadzeniu działalności misyjnej. Został skierowany do pracy misyjnej w Finlandii. Początkowo pracował razem z biskupem Sergiuszem (Stragorodskim) w soborze w Helsinkach. W sierpniu 1917 metropolita Tichon (Bieławin), przeniesiony na katedrę moskiewską, sprowadził go do siebie do soboru Chrystusa Zbawiciela w Moskwie. Ks. Chotowicki był jednym z delegatów białego duchowieństwa na Sobór Lokalny Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego obradujący w latach 1917–1918.
Po rewolucji październikowej Po wybuchu rosyjskiej wojny domowej wzywał prawosławnych Rosjan do czynnego wspierania Cerkwi, zarówno duchowo, jak i materialnie. Apelował o wsparcie finansowe dla podupadłego Soboru Chrystusa Zbawiciela. Za tę działalność został aresztowany w maju 1920, a następnie w listopadzie 1921 pod zarzutem łamania dekretów o rozdziale Kościoła i państwa. Za każdym razem był szybko uwalniany.