W czasie akcji konfiskaty majątku Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego razem ze swoimi parafianami wystosował rezolucję, w której domagał się od władz gwarancji, że wszystkie uzyskane środki zostaną przeznaczone dla ofiar głodu na Powołżu.
27 listopada 1922 został oskarżony o czynne przeciwstawianie się konfiskacie i postawiony przed sądem w Moskwie. Po dwutygodniowym procesie, w którym przed sądem stanęła również grupa jego parafian, został skazany na 10 lat więzienia, 5 lat pozbawienia praw publicznych oraz konfiskatę mienia (prokurator Andriej Wyszynski żądał kary śmierci). Kapłan nie przyznawał się do winy. Na wolność wyszedł w październiku 1923, gdy relacje państwa i Kościoła chwilowo się poprawiły wskutek ugodowej postawy patriarchy Tichona. Ks. Chotowicki nie został jednak przypisany do żadnej parafii. Odprawiał nabożeństwa w różnych parafiach, wygłaszając kazania i otwarcie krytykując rząd. 9 września 1924 ponownie został zatrzymany. W czasie przesłuchania jednoznacznie popierał działalność patriarchy Tichona, zaprzeczał jednak, jakoby opowiadał się za restauracją caratu. Został skazany na 3 lata zesłania do regionu turuchańskiego na Syberii.