W 1901 udał się do Rosji, aby przeprowadzić zbiórkę pieniędzy na budowę nowej cerkwi dla swojej parafii, która miała równocześnie pełnić funkcje soboru. Następnie kierował jej wznoszeniem. W 1904 gotowa świątynia została poświęcona przez biskupa Tichona (Biełławina). Ks. Chotowicki, pełniąc nadal obowiązki proboszcza parafii nowojorskiej, przyczynił się do powstania podobnych placówek duszpasterskich w Yonkers, Filadelfii, Passaits oraz w innych miejscowościach wschodniego wybrzeża Stanów Zjednoczonych i Kanady. Szczególnie angażował się w nawracanie na prawosławie emigrantów z Galicji, wyznania greckokatolickiego. Podczas jednego ze spotkań z nimi został zaatakowany i ciężko zraniony kijem przez jednego z uczestników. Prowadził również pracę misyjną wśród protestantów różnych odłamów. Redagował pismo „Russian-American Orthodox Messenger”. Za osiągnięcia w pracy duszpasterskiej w 1906 otrzymał godność protojereja.