Ustanowiono dwa oddziały, z których pierwszy zajmował się początkowo w trzech, a potem w czterech działach następującymi sprawami: sprawami wewnętrznymi – badaniem nastrojów, cenzurą, publikacjami, wydawaniem dzienników urzędowych; działalnością policji – zapewnianiem bezpieczeństwa, nadzorem nad ubogimi i organizacjami; sprawami wojskowymi – rekrutacją, mobilizacją, urządzeniami obronnymi; sprawami kościołów i szkół, a także komisji sanitarnych; W drugim oddziale znajdowały się trzy działy, zajmujące się: wpływami finansowymi z różnych instytucji i urządzeń, a także z domen, dóbr, leśnictw i żup; sprawami policji przemysłowej, mającej nadzór nad fabrykami, warsztatami rzemieślniczymi, handlem i organizacjami zawodowymi; administracją i budownictwem wodnym.
Władzom rejencyjnym podlegało początkowo sześć, a później dziewięć landratur, tyleż lekarzy powiatowych, a od 1829 r. także weterynarzy powiatowych, dwóch dyrektorów podatkowych, ponad 20 Urzędów Domenalnych, Urząd Intendentury, cztery nadleśnictwa, urzędnicy budowlani, naczelnicy policji w Bydgoszczy i Gnieźnie oraz władze kościelne. Landratury sprawowały głównie nadzór nad sprawami szkolnymi, kościelnymi i policyjnymi w powiatach.