Z chwilą zatwierdzenia organizacji urzędu przez Fryderyka Wilhelma III, komisja przekształciła się w kolegium i wraz ze wszystkimi zatrudnionymi urzędnikami utworzyła Królewsko-Pruską Rejencję (niem. Königliche Preussische Regierung). Obok prezydenta, wiceprezydenta i dyrektora regencji, zatrudnionych tutaj było 13 radców regencyjnych, naczelny lustrator lasów, dwóch radców konsystorialnych (katolicki i ewangelicki) i wielu innych płatnych urzędników. W 1820 roku liczba ich wynosiła 81, a w późniejszych latach znacznie wzrosła. Władze rejencyjne od samego początku podlegały ministrom pruskim. Prezydent rejencji bydgoskiej wchodził w skład Zarządu Wielkiego Księstwa PoznańskiegoObok naczelnego prezydenta Księstwa oraz prezydenta rejencji poznańskiej..
Zakres prac Królewsko-Pruskiej rejencji w Bydgoszczy był dosyć szeroki.