W 1054 roku do Francji przybył legat papieski Hildebrand (późniejszy papież Grzegorz VII), który doprowadził do podpisania przez Berengara kompromisowej formuły dotyczącej natury eucharystii.
W 1059 roku Berengar został wezwany przez papieża Mikołaja II na synod rzymski. Nie pozwolono mu przemawiać we własnej sprawie i zmuszono go, by zaprzeczył swoim naukom i przysiągł na wyznanie wiary ułożone przez kardynała Humberta i potwierdzające katolicką naukę o eucharystii. Dzieła Berengara potępiono i spalono. Sam Berengar nie zmienił jednak poglądów i głosił, że przysięga złożona pod przymusem nie jest wiążąca. W swoich (zachowanych we fragmentach) pismach potępiał papieża i kardynała Humberta oraz synod. W odpowiedzi na traktat Lanfrank z Bec napisał swoje dzieło De corpore et sanguine Domini (O ciele i krwi Pana), w którym formułował rozwiniętą doktrynę transsubstancjacji (bez użycia jednak samego pojęcia, które wprowadził późniejszy krytyk Berengara Hildebert z Lavardin).
Berengara potępiały kolejne synody w Poitiers (1076) oraz Rzymie (1078 i 1079). W 1080 roku wytoczono mu kolejny proces w Bordeaux. Po tym procesie Berengar wycofał się z aktywnego życia, osiadając w opactwie Saint-Cosme de Tours.