Ponadto Teodwin zarzucał Berengarowi kwestię, z którą ten miał być najczęściej wiązany: podważanie wiary w sakramenty, a w szczególności w rzeczywistą obecność ciała i krwi Chrystusa w eucharystii. Stało to się początkiem sporu o transsubstancjację, który w istotny sposób wpłynął na kształt doktryny katolickiej.
Berengar zaczął listownie bronić swojego stanowiska (zachowały się 23 jego listy do różnych osób). Osadzał je w nauczaniu duchownych ery karolińskiej, takich jak Ratramnus z Korbei i Jan Szkot Eriugena. W swojej sprawie Berengar korespondował m.in. z Lanfrankiem z Bec, Adelmanem z Liège, Hugonem z Langres, broniąc swoich racji i szukając sojuszników przeciwko oskarżeniom. Około 1049 roku w odpowiedzi na zarzuty Lanfranka napisał swoje główne i jedyne zachowane dzieło De sacra coena adversus Lanfrancum.
Na synodzie w 1050 roku papież Leon IX objął Berengara ekskomuniką i nakazał mu stawienie się na synodzie w Vercelli (1050). Berengar zwrócił się do króla Henryka I o pozwolenie na podróż, jednak został przez niego uwięziony. Synod w Vervelli potępił jego prace in absentia. Po uwolnieniu Berengar schronił się u hrabiego Andegawenii Godfryda II, a król zwołał w Paryżu synod (1051), który potępił Berengara i jego ucznia Euzebiusza.