W sierpniu 1944 roku utworzono nową sekcję, która stała się tzw. „obozem kobiecym”. Do listopada 1944 roku trafiło do niego około 9000 kobiet i dziewcząt. Większość zdolnych do pracy przebywała tam krótko, po czym była wysyłana do innych obozów koncentracyjnych lub obozów pracy przymusowej. Pierwszymi przetrzymywanymi tam kobietami były Polki, żołnierki AK wzięte do niewoli po upadku powstania warszawskiego. Inne stanowiły Żydówki z Polski lub Węgier, przeniesione z Auschwitz. Margot i Anne Frank zmarły tam w lutym lub marcu 1945 roku.
Kolejni więźniowie W grudniu 1944 roku nowym komendantem obozu został SS-Hauptsturmführer Josef Kramer – wcześniej służący w Auschwitz-Birkenau – który zastąpił SS-Hauptsturmführera Adolfa Haasa, pełniącego tę funkcję od wiosny 1943 roku. W styczniu 1945 roku SS przejęło szpital dla jeńców wojennych i powiększyło teren Bergen-Belsen. W związku z ewakuacją obozów koncentracyjnych na wschodzie przed nadciągającą Armią Czerwoną, do Bergen-Belsen przetransportowano w wagonach bydlęcych lub skierowano w marszach co najmniej 85 000 osób. Wcześniej liczba więźniów w Belsen była znacznie mniejsza. W lipcu 1944 roku przebywało tam 7300 osób;