Na jego miejsce utworzono Sekcję Administracyjną Głównego Dowództwa Armii.
W 1854 utworzono dla arcyksięcia Wilhelma stanowisko przewodniczącego konferencji szefów sekcji Naczelnego Dowództwa Armii, a w 1857 mianowano go szefem Naczelnego Dowództwa Armii, pozostawiając jednak również wszystkie kompetencje generalnemu adiutantowi, którym od początku panowania Franciszka Józefa był hr. Karl Ludwig von Grünne. W roku tym Naczelne Dowództwo liczyło 27 wydziałów, 8 sekcji i 4 dyrekcje generalne.
Zupełna indolencja Naczelnego Dowództwa została obnażona podczas wojny francusko-austriackiej w 1859. Nastąpiło zupełne załamanie dowodzenia, w związku z czym cesarz przekazał dowództwo arcyksięciu Albrechtowi i baronowi Heinrichowi von Hess, a Centralną Kancelarię Wojskową odesłał do Wiednia. W październiku zmuszono do dymisji gen. Grünne.
Podobna sytuacja panowała w marynarce wojennej Austrii, gdzie działało Ministerstwo Marynarki Wojennej, Dowództwo Marynarki (od 1857 w Mediolanie) i wpływowa admiralicja portu w Pula.