Reforma dowództwa W 1859 zniesiono Centralną Kancelarię Wojskową, a jej służby włączono do Generalnej Adiutantury. Sama Adiutantura pozostała jednak jedynie pośrednikiem pomiędzy cesarzem a głównym dowództwem armii. 10 listopada 1860 zlikwidowano Główne Dowództwo Armii i powołano powtórnie Ministerstwo Wojny. Pierwszym rzeczywistym ministrem wojny został hrabia August Degenfeld-Schönburg, następnym był Karl Frank.
Przegrana wojna z Prusami ukazała jednak niedoskonałości dowodzenia. Dlatego też rozpoczęto przygotowania do kolejnej reformy. Wspierali ją kolejni ministrowie wojny: baron von John i baron Franz Kuhn von Kuhnenfeld, arcyksiążę Albrecht Fryderyk Habsburg, szef kancelarii wojskowej cesarza płk Friedrich Ritter von Beck i admirał Wilhelm von Tegetthoff.
Armia Austro-Węgier W marcu 1867 władze węgierskie przez hrabiego Gyulę Andrássy'ego zażądały, w zamian za zgodę na połączenie z Austrią i powszechną służbę wojskową, całkowitego rozdzielenia sił zbrojnych, lub też pozostawienia wspólnej armii, ale wraz z utworzeniem dodatkowej armii - Honvedu, zależnej tylko od rządu węgierskiego. Franciszek Józef wyraził zgodę na drugie rozwiązanie i 12 czerwca 1867 zatwierdził ugodę z Węgrami.