Niemal wszystkie japońskie świątynie zen stały się według nich po prostu rodzinnymi firmami, przekazywanymi z ojca na syna, a funkcja mistrza zen sprowadziła się do odprawiania ceremonii pogrzebowych.
Niektórzy japońscy mistrzowie w czasie II wojny światowej głosili militaryzm i nacjonalizm, co rzuciło na japoński zen głęboki cień.
Praktyki medytacyjne thumb|200px|Zafu – poduszka do medytacji
Jak w każdej ścieżce buddyzmu, w zen uważa się, że każdy może osiągnąć oświecenie, jeśli będzie wystarczająco intensywnie pracował nad własnym umysłem. Uwarunkowania wynikające z niedobrej karmy można wymazać długotrwałymi praktykami medytacyjnymi. Medytacje te stanowią najważniejszy sposób aktywnego uczestnictwa w tej religii. Są one nazywane zazen – czyli siedzącym zen.
Składają się one z kilku elementów: liczenie oddechów. Pozwala to początkującym na uspokojenie umysłu; praktyka shikantaza (tylko siedzenie), czyli praktyka długotrwałego pozostawania w stanie medytacji. Shikantaza to po prostu bycie pełną jaźnią, puszczanie ciała i umysłu. Praktykując ją nie lgnie się do myśli, ale też nie blokuje się ich. W stanie tym umysł ma jednocześnie rejestrować wszystkie dochodzące bodźce. „Powinno się słyszeć odgłos spadającego piórka i jednocześnie nie dać się rozproszyć nawet wystrzałem armatnim”.