–606) Czwarty patriarcha Daoxin (道信, jap. Dōshin 580 –651) Piąty patriarcha Hongren (弘忍, jap. Kōnin, 601–674) Szósty patriarcha Huineng (慧能, jap. Enō, 638–713). Huineng był nieuczonym chłopcem, który przybył "znikąd" i przekazanie przez Hongrena właśnie jemu insygniów patriarchy wywołało wielką złość u innych, formalnie wyświęconych mnichów. Huineng musiał się przez pewien czas ukrywać. Sam miał wielu uczniów, ale żadnego z nich nie mianował swym następcą, by uniknąć w przyszłości podobnych sytuacji.
Zen we współczesnej Japonii mały|300px|Wewnętrzna brama świątyni Heirin w Japonii
W Japonii obecnie istnieją trzy szkoły – wspomniane już sōtō i rinzai oraz utworzona w XVII wieku przez chińskiego mnicha szkoła ōbaku.
Niektórzy współcześni japońscy nauczyciele zen, tacy jak Daiun Harada, czy Shunryū Suzuki krytykują japoński zen jako sformalizowany system pustych rytuałów, z niewielką liczbą ludzi faktycznie osiągających oświecenie.