Shikantaza jest charakterystyczne przede wszystkim dla szkoły zen sōtō; pozostawanie w stałym kontakcie ze swoim mistrzem, który udziela wskazówek na spotkaniu zwanym dokusan i w odpowiednim momencie daje adeptowi jego kōan, czyli opowieść lub krótkie pytanie, na które nie ma racjonalnej odpowiedzi, np.: „Kim byłeś przed swoimi narodzinami?”, albo: „Jaki dźwięk powstaje na skutek klaskania jedną ręką?”. W kōan należy się wczuć całą swoją istotą. Kōany są używane przede wszystkim przez mistrzów szkoły rinzai, gdzie są praktycznymi i usystematyzowanymi według skali trudności probierzami głębi rozumienia ucznia. Są również używane w szkole sōtō, lecz nie są centrum praktyki.

Efekty medytacji były badane przez neurologów. Ustalono, iż osoby ćwiczące długo zen wykazują się zmianami w aktywności mózgu. Występuje wzmożona aktywność w lewym płacie czołowym mózgu. Zanika także habituacja (patrz: Zimbardo Psychologia i życie). Ten ostatni efekt oznacza, iż każde zdarzenie w świecie zewnętrznym, choćby najlżejszy odgłos, odbierane jest przez świadomość. Efekt ten w zen nazywany jest ciągłą świadomością.