Na początku lat 80. Nowak założył w PISM koło Stronnictwa Demokratycznego. 20 kwietnia 1989 został wybrany do władz Stronnictwa, a w kilka dni później do jego prezydium (został wiceprzewodniczącym Centralnego Komitetu SD). Był głównym twórcą warszawskiego programu SD, składającego się z 27 punktów. Mówiły one m.in. o realizacji interesów narodowych, trójpodziale władz, uniezależnieniu administracji państwowej oraz zniesieniu cenzury. Domagał się także odpolitycznienia wojska i milicji. Jego apel w tej sprawie miał ukazać się na łamach Kuriera Polskiego, jednak 17 maja 1989 jego tekst został skonfiskowany przez cenzurę. W tym samym roku został kierownikiem Polsko-Węgierskiej Komisji Podręcznikowej oraz członkiem Zespołu Doradców MSZ.
Był prelegentem w Instytucie Podstawowych Problemów Marksizmu i Leninizmu. thumb|Jerzy Robert Nowak podczas wywiadu dla TVP w dniu otrzymania honorowego obywatelstwa miasta Jedwabne (2006)