W wyborach parlamentarnych w 1989 kandydował do Senatu w województwie warszawskim z ramienia SD pod hasłem Demokracja naszym wzorem, Robert Nowak senatoremM. P. z 1989 r., Nr 21. poz. 150.. Za rządów Tadeusza Mazowieckiego bezskutecznie starał się o objęcie funkcji ambasadora na Węgrzech. Krytycznie oceniając politykę rządu, domagał się m.in. przyspieszenia zmian politycznych i ustrojowych w Polsce. Popierał koalicję NSZZ „Solidarność”-SD-PSL, niechętnie odnosząc się do pomysłu sojuszu reformatorów z PZPR z częścią „Solidarności”Nie powstaliśmy na trupie żadnej innej partii, Magazyn „Ilustrowanego Kuriera Polskiego”, nr 17 (13667), 20–21 stycznia 1990, s. 3 (wywiad z Jerzym Robertem Nowakiem).. W 1992 stracił pracę w PISM i rozpoczął wykłady w Wyższej Szkole Pedagogicznej w Częstochowie.
W wyborach parlamentarnych w 1993 bezskutecznie kandydował do Sejmu z ramienia Porozumienia Centrum w Warszawie, uzyskując 244 głosyWyniki wyborów do Sejmu Rzeczypospolitej Polskiej w dniu 19 września 1993 r. Cz. 1: Wyniki głosowania w okręgach wyborczych, Państwowa Komisja Wyborcza, Warszawa 1993, s. 11.. W wyborach samorządowych w 2000 w Warszawie kandydował bezskutecznie z listy „Zgody Warszawskiej”. W wyborach w 2001 bez powodzenia ubiegał się o mandat posła z listy Ligi Polskich Rodzin.