Klemens wyróżniał dwa typy chrześcijaństwa. Podstawą pierwszego było dosłowne rozumienie Pisma Świętego, drugiego – wiedza oparta na Słowie i filozofii antycznej. Zwieńczeniem poznania była ekstaza. Taki podział powodował rozróżnienie dwóch rodzajów chrześcijan: zwykłych wierzących i „doskonałych” lub „gnostyków”, którzy swoją wiarę definiowali poprzez filozofię.
Swoich poglądów na temat hierarchii kościelnej teolog nie wyrażał precyzyjnie. Najprawdopodobniej uważał, że hierarchowie są spadkobiercami nauk Chrystusa i mają za zadanie je głosić, dlatego chrześcijanie winni okazywać posłuszeństwo wobec swoich zwierzchników duchowych. Według niego normą nauczania chrześcijaństwa jest Biblia w interpretacji Kościoła. Stworzył teorię mówiącą, że prawda zawarta w Piśmie Świętym jest przedstawiona poprzez symbole. Do jej poznania należy zastosować platońską koncepcję o hierarchii bytów, tj. niższe byty są odzwierciedleniem wyższych i są ich symbolami. W podobny sposób prawdę za pomocą symboli przedstawiali zarówno prorocy, jak i filozofowie pogańscy.