Początkowo był czczony przez Kościół 4 grudnia, jednak ze względu na jego domniemaną znajomość z Orygenesem, jego imię zostało usunięte z martyrologiów. W Kościele zachodnim wpływ miał na to dekret gelazjański, natomiast na Wschodzie zaważyła opinia patriarchy Focjusza I.
Poglądy Klemens rozwinął teorię wiary i wiedzy, która została przyjęta przez Kościół chrześcijański. Sam filozoficznie niesamodzielny i eklektyczny, stworzył jednak program nauki chrześcijańskiej i przyczynił się do tego, że grecka kultura umysłowa została użyta przy kształtowaniu filozofii chrześcijańskiej. Klemens z Aleksandrii był teologiem chrześcijańskim. Swoje poglądy zawarł w trzech dziełach. W Upomnieniu Greków przedmiotem jego rozważań były błędy popełnione przez pogan. W dziele Paedagogus opisał podstawy chrześcijańskiej moralności. W Barwnych kobiercach zredagowanych aforystycznie, Klemens rozwija podstawową naukę chrześcijańską, przedstawioną nie jako wiara, lecz jako wiedza, i to całkowicie zgodna z filozofią starożytną.