W rozumieniu Klemensa Tradycja była tożsama z kanonem wiary lub kanonem kościelnym. Wierzył, że w ramach kościelnej powszechnej Tradycji istniała tradycja doktrynalna gnósis lub parádosis, dostępna dla chrześcijańskich elit intelektualnych. Polegała na harmonii prawa starotestamentowego i nauki proroków z Nowym Przymierzem.
Według Klemensa Bóg jest niepojęty: transcendentny oraz jest monadą i jednością, a jednocześnie ogarnia wszechświat i przezwycięża jedność i monadę. Ojca poznaje się za pośrednictwem Syna, który jest jego Słowem i umysłem. Jednocześnie Syn wyraża siłę Ojca. Syn nie ma początku i stanowi jedność z Ojcem. Duch emanuje ze Słowa, którego mocą prowadzi wiernych do Boga. Klemens tłumaczył istotę Trójcy poprzez pryzmat nauk platońskich. Uwidacznia się to w sposobie, w jaki określa hierarchię w jej obrębie. Zdaje się podporządkowywać Syna Ojcu, a Ducha Synowi, jednak nie wskazuje na nierówność Trzech Osób Trójcy. W swoim spojrzeniu na istotę Syna Klemens był krytykowany przez Focjusza za poglądy zbliżone do doketyzmu. W odróżnieniu od wyznawców doketyzmu Klemens był jednak zwolennikiem prawdziwego wcielenia Syna. Uważał, że Chrystus wstąpił w ciało ludzkie, co uczyniło go jednocześnie ludzkim i boskim.