Ustawa nakazująca mnichom opuścić miasta, choć była po myśli wielu biskupów, mających trudności z niełatwym do opanowania, anarchistycznym żywiołem, nie mogła wzbudzać entuzjazmu w tak radykalnej formie; nie wszędzie mnisi byli źle widziani przez kler.
W 391 roku wydał surowy zakaz składania ofiar, odwiedzania świątyń i oddawania czci posągom.
W 392 roku (niektóre źródła podają 380 oraz 395 rok) zakazał wyznawania innych religii niż chrześcijaństwo, podnosząc je do rangi religii państwowej. Zakazał organizacji starożytnych igrzysk olimpijskich (393)Praca zbiorowa pod redakcja Aleksandra Krawczuka, 2005, Wielka Historia Świata Tom 3 Świat okresu cywilizacji klasycznych, ss. 430, Oficyna Wydawnicza FOGRA, ., uznając je za relikt pogaństwa.
Konflikt z biskupem Ambrożym thumb|Święty Ambroży i cesarz Teodozjusz (mal. Antoon van Dyck, 1619/1620) W 388 roku Teodozjusz dowiedział się z raportu komesa orienti, że w Kallinikum, w Mezopotamii, mnisi zachęcili tłum chrześcijan do zniszczenia synagogi i kaplicy należącej do sekty walentynian. Cesarz nakazał biskupowi Kallinikum odbudować synagogę. Biskup Ambroży zareagował bardzo ostro, oświadczając, że nie odprawi mszy świętej w obecności cesarza, jeśli ten nie odwoła rozkazu. Teodozjusz ustąpił.