Z inicjatywy cesarza przystąpiono do systematyczniejszego egzekwowania wcześniejszych ustaw o zamknięciu pogańskich miejsc kultu w tych miejscowościach, w których te ustawy pozostały martwą literą. Symbolem przegranej pogaństwa stało się zniszczenie Serapejonu w Aleksandrii. Zburzona została również E-hulhul (Dom radości) – główna świątynia boga Sina w Harranie (ok. 382)Mitologie Świata – Ludy Mezopotamii, New Media Concept 2007, s.51, .. Ograniczono również prawa Żydów.
Teodozjusz gorliwie umacniał pozycję ortodoksyjnego kościoła przez działalność legislacyjną, raczej wspierał sprawy kościelne. Taki rodzaj patronatu z pewnego dystansu, wsparty legislacją, zgodną z intencjami przywódców Kościoła katolickiego na ogół im odpowiadał. Jednak nie wszystko, co czynił Teodozjusz, było zgodne z ich stanowiskiem. Cesarz próbował ograniczyć zasięg kościelnego azylu, wyłączając z niego pewne kategorie przestępców (zwłaszcza dłużników skarbu państwa), a także zmniejszyć zakres kościelnych interwencji w dziedzinie sądownictwa.