Nie rezygnowała również z polemik z modernizmem.
Za przyzwoleniem Leona XIII jezuiccy redaktorzy i Francesco Saverio Rondina wszczęli na łamach pisma kampanię antysemicką, która trwała do lat 90. XIX w. „La Civiltà Cattolica” alarmowała o szerzeniu się we Włoszech przemocy, niemoralności i chaosu, oskarżając Żydów o działalność spiskową i wprowadzając środki opisu spotykane później na łamach nazistowskiego tygodnika „Der Stürmer”, takie jak ośmiornica oplatająca mackami świat. Według brytyjskiego historyka ten klerykalny antysemityzm nie odegrał roli w kształtowaniu się politycznego antysemityzmu, nieznanego we Włoszech przed I wojną światową.
Choć Leon XIII zarzucił redaktorowi naczelnemu Giovanniemu Cornoldiemu w 1885 legitymizm i nadmierne nieprzejednanie w kwestii rzymskiej, zażądał od redakcji powrotu do Rzymu, a w 1887 zaczął domagać się zwrotu miasta, powierzając pismu prowadzenie walki ideowej z rządem włoskim.
Reakcje laickie Świat kultury laickiej zareagował na „La Civiltà Cattolica” fundacją w Turynie, pisma Il Cimento, wychodzącego od 1852 do 1856. W nim, filozof Bertrando Spaventa (1817–1883), bliski myśli Hegla i historyk literatury Francesco De Sanctis, zaoferowali się zbijać argumenty z artykułów pisma katolickiego.