Po przerwie przypadającej na lata I wojny światowej, kiedy służył w armii jako szef oddziału neurologiczno-psychiatrycznego szpitala polowego w Brukseli, powrócił do Hamburga i w styczniu 1920 roku habilitował się z neurologii, a w marcu 1924 roku został profesorem nadzwyczajnym. Od stycznia 1919 roku prowadził też prywatną praktykę w Hamburgu.
Jego uczniami byli Onari, Kashida, Hayashi, Robustow, Schükri, Alpers, Davidoff, Globus, Grinker, Rabiner, WinkelmanHassin GB. Jakob, Alfons: W: Webb Haymaker (ed.): The Founders of Neurology. One Hundred and Thirty-Three Biographical Sketches. Prepared for the Fourth International Neurological Congress in Paris by Eighty-Four Authors. Springfield: C.C.Thomas, 1953, s. 184-186.
Przez ostatnie siedem lat życia cierpiał na przewlekłe zapalenie kości. Ostatecznie powstał ropień zaotrzewnowy powikłany niedrożnością porażenną i posocznicą gronkowcową. Po nieudanej operacji Jakob zmarł. Wspomnienia pośmiertne poświęcili mu GlobusGlobus JH. Obituary Alfons Jakob, M.D. The Journal of Nervous and Mental Disease 75:108–110, 1932, LüthyLüthy F: Alfons Jakob. Schweizer Archiv für Neurologie und Psychiatrie 29, ss. 189–191, 1932, Josephy i WeygandtWeygandt W. Zum Andenken an Professor Jakob, Psychiatrisch-neurologische Wochenschrift 31, ss. 582–586, 1931Weygandt W. Zum Andenken an Professor Jakob.