Nikolaus Harnoncourt, właśc. Johann Nicolaus hrabia de la Fontaine und d’Harnoncourt-Unverzagt (ur. 6 grudnia 1929 w Berlinie, zm. 5 marca 2016 w St. Georgen im Attergau) – austriacki dyrygent specjalizujący się w wykonawstwie muzyki dawnej, przedstawiciel autentyzmu, wiolonczelista, gambista, także autor książek o muzyce.
Życiorys Pochodził z arystokratycznej rodziny (po kądzieli przez arcyksięcia Jana był potomkiem cesarzowej Marii Teresy). Dzieciństwo spędził w Grazu, a wykształcenie muzyczne otrzymał w Wiedniu. Był wiolonczelistą w Wiedeńskiej Orkiestrze Symfonicznej (1952–1969). W 1953 roku założył zespół muzyki barokowej Concentus Musicus Wien wykonujący muzykę przedklasycystyczną na oryginalnych instrumentach z epoki lub ich kopiach. Oprócz kierownictwa artystycznego i dyrygentury, grał w tym zespole na wiolonczeli i violi da gamba. Po kilku latach intensywnej pracy zespół zadebiutował w 1957 r., wywołując sensację swoim nowatorskim podejściem do dawnej muzyki.
Jako dyrygent operowy debiutował w 1971 r. w Powrocie Ulissesa do ojczyzny Claudio Monteverdiego.
W latach 1971–1990 razem z Gustavem Leonhardtem zarejestrował wszystkie kantaty Johanna Sebastiana Bacha. Współpracował także z innymi europejskimi orkiestrami, m.in. z Orkiestrą Concertgebouw w Amsterdamie.