Z powodu awarii zespół musiał wycofać się po dwudziestu godzinach wyścigu.
W wyścigu Le Mans pojawił się ponownie w 2007 roku wraz z fabryczną ekipą Team Peugeot Total. Wraz z Pedro Lamym i Stephanem Sarrazinem (startują razem dla zespołu Peugeota w Le Mans Series) poprowadził Peugeota 908 HDi. Ostatecznie musieli uznać wyższość ekipy z samochodem Audi R10 i zadowolić się druga pozycją – najlepszą w dotychczasowym dorobku Bourdaisa.
W 2009 roku wystartował znowu w barwach Team Peugeot Total. Tym razem team zdobył „dublet”, a samochód Bourdaisa uplasował się na drugiej pozycji.
Formuła 1 W sezonie 2008 zadebiutował w Formule 1 w barwach zespołu Scuderia Toro Rosso. Już w pierwszym wyścigu w Grand Prix Australii zdobył pierwsze punkty w karierze. Francuz w ciągu sezonu zajmował wyższe pozycje od swojego partnera zespołowego Sebastiana Vettela do czasu, kiedy zadebiutował nowy bolid STR3. Wtedy Bourdais nie mógł kompletnie przystosować się do nowego wozu, przez co nie był w stanie osiągać dobrych rezultatów. Przełom przyszedł podczas Grand Prix Europy na torze w Walencji, gdzie zadebiutował nowy tor przypominający właśnie te z Ameryki. Wyścig ukończył wtedy na 10. miejscu, co było dobrym rezultatem zważywszy na jego wcześniejsze wyniki.