Przez 5 sezonów startów w 73 wyścigach odniósł 31 zwycięstw i zdobył 4 tytuły mistrzowskie (w sezonach 2004-2007).
24h Le Mans Bourdais zadebiutował w wyścigu 24h Le Mans w 1999 roku. Prowadził Porsche 911 w klasie GT2 razem z Jean-Pierre’em Jarrier i Pierre'em De Thosy – ich samochód uległ awarii.
W roku 2000 rozpoczął współpracę z Pescarolo Sport. Wraz z tym zespołem wystartował w klasie LMP900 w samochodzie Courage C52. W przeciwieństwie do oryginalnej konstrukcji z silnikiem Judd, pojazd wystawiony przez Pascarolo wyposażony był w jednostkę napędową Peugeota. Bourdais wraz z Emmanuelem Clerico i Olivierem Grouillard zajął czwarte miejsce za trzema dominującymi Audi R8.
W 2001 Bourdais wraz z Jeanem-Christophe'em Boullionem i Laurentem Rédonem startował w nowszym modelu C60. Francuzi wywalczyli w wyścigu 13. miejsce. Rok później Rédon został zastąpiony przez Francka Lagorce'a. W tym składzie zajęli dziesiątą pozycję.
W 2003 roku nie brał udziału w wyścigu, ale powrócił w następnym roku. w składzie z Nicolasem Minassianem i Emmanuelem Collardem. Wystartował w klasie LMP1 (dawnej LMP900) w Pescarolo C60. Samochód był mocno zmodyfikowanym Couragem, w którym użyto jednak oryginalnej jednostki Judda.