W kolejnych eliminacjach było już coraz lepiej i nawet czasem był lepszy od swojego partnera, jednak brakowało mu szczęścia, m.in. podczas Grand Prix Belgii, gdzie w wyniku zamieszania stracił dwie pozycje na rzecz Roberta Kubicy i wspomnianego wcześniej Niemca. Podczas Grand Prix Włoch i Japonii zawiodła go elektronika. Otrzymał karę za kontrowersyjny incydent z Felipe Massą, przez co stracił 6. miejsce. Ostatecznie sezon ukończył na 17. miejscu z dorobkiem 4 punktów.
Przyszłość Bourdaisa była przez kilka tygodni niepewna z powodu braku sponsora, który wyłożyłby odpowiednią ilość pieniędzy. Pojawiły się informacje o tym, że rozważa on powrót do Stanów Zjednoczonych, konkretnie do serii IndyCar. Jednak 5 lutego STR poinformował o zaproszeniu Bourdaisa na testy, a dzień później ogłoszono przedłużenie kontraktu z Francuzem.
16 lipca zespół Toro Rosso ogłosił zakończenie współpracy z Sébastienem Bourdaisem ze skutkiem natychmiastowym.
Po Formule 1 Po zwolnieniu z Formuły 1, Francuz dostał się w tym samym roku do Superleague Formula, gdzie reprezentował barwy klubu Sevilla FC. Podczas startów w tej serii odniósł dwa zwycięstwa. W 2010 roku kontynuował starty w Superleague, tym razem reprezentując barwy klubu Olympique Lyon.