Stolica biskupstwa została w 1824 roku przeniesiona do Pelplina.
W diecezji chełmińskiej już przed pierwszą wojną światową działały różne katolickie organizacje młodzieżowe. Jednak dopiero od 1921 roku zaczęła tworzyć się jednolita struktura, obejmująca siecią organizacyjną całą diecezję. Ideologia Stowarzyszenia Młodzieży Polskiej uzupełniała, rozwijała i utrwalała te wartości, które zaszczepił w młodych ludziach Kościół. Od początku istnienia Stowarzyszenie wyznaczyło sobie za cel wychowanie młodzieży w duchu katolickim i narodowym, pomijając w swej działalności wszelkie sprawy polityczne i wpływy partyjne.
Wybuch II wojny światowej otworzył najbardziej tragiczny rozdział w historii diecezji chełmińskiej. Okupanci niemieccy zamordowali 356 kapłanów diecezjalnych, w tym niemal wszystkich kanoników pelplińskich oraz profesorów tamtejszego Wyższego Seminarium Duchownego i słynnego Collegium Marianum. Katedrę w Pelplinie obrabowano i zbezczeszczono, urządzając w niej szkołę policyjną. Archiwum diecezjalne wywieziono. Również wiele innych kościołów pozamykano, przeznaczając budynki na inne cele (garaże, kina, magazyny), dokonywano aktów profanacji i złośliwych zniszczeń (między innymi obiektów sakralnych Kalwarii Wejherowskiej). Używanie języka polskiego podczas mszy, a nawet spowiedzi, było surowo karane.