W dniu 29 listopada 1939 roku Stolica Apostolska mianowała niemieckiego biskupa Gdańska Karola Marię Spletta administratorem diecezji chełmińskiej (pod nieobecność biskupa Wojciecha Okoniewskiego, który po wybuchu wojny zbiegł za granicę), co stało się bez konsultacji z polskim rządem, a zatem z pogwałceniem zapisów obowiązującego konkordatu.
Konsekwencją było rozwiązanie konkordatu 22 września 1945 roku między Polską a Stolicą ApostolskąUchwała Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej z dnia 12 września 1945 r. w sprawie konkordatu..
W 1992 roku, papież Jan Paweł II bullą Totus tuus Poloniae populus z 25 marca 1992 roku zreorganizował administrację Kościoła w Polsce. Utworzona została m.in. metropolia gdańska z podległymi diecezjami toruńską i pelplińską, będącą kontynuatorką diecezji chełmińskiej. Katedra w Pelplinie pozostała kościołem katedralnym diecezji pelplińskiej, a historyczna katedra chełmżyńska ustanowiona została kościołem konkatedralnym diecezji toruńskiej.mały|294x294px|Mapa diecezji chełmińskiej w 1928
Dekanaty diecezji chełmińskiej w 1928 roku